Posso alternar entre a app da Play Store e o APK direto no Android?

Sim, mas não instalando uma por cima da outra. As duas versões são assinadas com chaves diferentes (a Play gere a sua própria assinatura; a chave do APK direto é só nossa), e o Android recusa-se a atualizar uma app cuja assinatura mudou, por isso a instalação falha com um erro do género "Aplicação não instalada". Alternar significa: confirma que a app mostra "Synced", desinstala a versão atual, instala a outra, inicia sessão de novo.

Desinstalar limpa os dados locais da app - é por isso que a verificação de sincronização vem primeiro. Depois de iniciares sessão, tudo regressa pela sincronização. Tem à mão as tuas 12 palavras ou um QR de início de sessão de outro dispositivo antes de desinstalares, não depois. De resto, as versões são idênticas; só diferem em como se atualizam e em como o Pro é cobrado.