Dá para alternar entre o app da Play Store e o APK direto no Android?

Sim, mas não instalando um por cima do outro. As duas versões são assinadas com chaves diferentes (a Play gerencia a própria assinatura; a chave do APK direto é só nossa), e o Android se recusa a atualizar um app cuja assinatura mudou, então a instalação falha com um erro do tipo "App não instalado". Alternar significa: confirme que o app mostra "Synced", desinstale a versão atual, instale a outra, entre de novo.

Desinstalar apaga os dados locais do app - é por isso que a checagem de sincronização vem primeiro. Depois de entrar, tudo volta pela sincronização. Tenha as suas 12 palavras ou um QR de login de outro aparelho à mão antes de desinstalar, não depois. Fora isso, as versões são idênticas; diferem só em como se atualizam e em como o Pro é cobrado.